一、合同備案基本程序：
經貿部門審批
--> 向海關服務中心購買空白《登記手冊》
--> 合同預錄入
--> 海關審核后開具《開設保證金臺帳聯系單》
--> 向中國銀行申請設立臺帳 ---> 海關核注銀行簽發的《臺帳登記通知單》
--> 海關進行計算機異地傳輸 ---> 收到傳輸成功回執后核發《登記手冊》。
二、合同備案所需單證：
1、經營單位申請報告。
2、外經貿主管部門《批準證》，屬于進料加工的需要加蓋稅務部門印章。
3、對外簽訂的進出口合同。
4、經營單位基本帳戶開立證明。
5、加工企業所在地經貿部門出具的《加工生產能力證明》。
6、委托加工應提供經營單位與加工企業簽定的符合《中華人民共和國合同法》的委托加工合同（協議）。
7、開展異地加工貿易，須提供經營單位所在地海關出具的關封，內含《異地加工申請表》一式二份。
8、首次開展加工貿易須提供經營單位和加工企業的《營業執照》、《稅務登記證》復印件及《海關登記通知書》。
9、經營單位的介紹信或委托書。
10、加工工藝說明。
11、如需異地口岸進出口報關，須填寫《異地報關申請表》。
12、海關需要的其他資料。
注：1）海關對首次開展加工貿易的企業實行驗廠制度；對單證齊全、驗廠合格的企業，海關在3個工作日內核發《登記手冊》。
2）辦理加工貿易合同備案的企業屬AA類的，免設臺帳；屬A類企業的，需設臺帳，實行“空轉”；屬B類企業的，需設臺帳，一般商品實行“空轉”，限制類商品實行“實轉”；屬C類企業的，需設臺帳，一律實行“實轉”；D類企業不得開展加工貿易業務。經營單位與加工企業非同一分類的，海關按就低不就高的原則管理。對外商提供的進口輔料品種在規定范圍內，且金額在5000美金以下的，免辦手冊，不納入臺帳管理。
三、辦理5000美元以下78種客供輔料備案手續所需單證：
1、申請報告。
2、進口發票、裝箱單（一式二份）。
3、出口合同（一式二份）。
4、經營單位介紹信或委托書。
四、合同核銷
（一）基本流程：
合同執行完畢后一個月內企業向海關申請核銷
--> 預錄入
--> 海關審核
--> 簽發《臺帳核銷聯系單》
--> 中國銀行銷帳
--> 海關核銷結案
--> 打印結案通知書。
注：企業必須在海關規定的期限內向海關辦理核銷手續。對無正當理由未向海關辦理核銷手續的，海關根據有關規定進行處罰。
（二）所需單證
1、經營單位申請核銷報告。
2、進出口報關單。
3、《登記手冊》。
4、海關需要的其他單證，如核算表、劃料圖等反映實際加工情況的資料。
五、合同變更和展期
（一）基本流程：
經貿部門審批
--> 向海關服務中心變更預錄入
--> 海關審核
--> 簽發《臺帳變更聯系單》
--> 中國銀行臺帳回執
--> 異地傳輸
--> 傳輸成功后打印合同變更審批表。
（二）所需單證
1、填寫《合同變更申請表》或《合同延期申請表》，加蓋經營單位公章。
2、變更、延期的合同。
3、外經貿主管部門的批準文件。
4、《登記手冊》。
5、申請報告及海關需要的其他單證。
備注：對貿易性質不變、商品品種不變、合同變更金額小于1萬美元（含1萬美元）和按原審批合同延長加工期限不超過三個月的合同，直接到海關和中行辦理變更手續，不再經外經貿易部門重新審批。合同展期應在《登記手冊》有效期內向海關申請。
六、保稅倉庫貨物管理
（一）入庫貨物應提供單證：
1、企業申請報告。
2、存入貨物的合同。
3、發票、裝箱單。
4、保稅倉庫貨物審批表。
（二）出庫貨物應提供單證：
1、登記手冊。
2、企業申請報告。
3、進口報關單。
4、保稅倉庫貨物提取審批表。
（三）辦理程序：
填寫《保稅倉庫貨物入（出）審批表》
─→海關審批
─→簽發《保稅倉庫貨物入（出）庫單》
─→貨主憑單辦理報關手續。
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