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水產學院的前身是由著名科學家曾呈奎、朱樹屏于1946年籌建創設的山東大學水產系，是我國最早建立的高等水產教育單位。早在六十年代初期就招收過碩士生。文革后繼續招收碩士生，并于1984年獲得養殖學和捕撈學碩士學位授予權，1985年獲得漁業資源學碩士學位授予權，1987年獲得水產養殖博士學位授予權，1998年獲得漁業資源博士學位授予權和水產一級學科博士點，1999年被批準為水產一級學科博士后流動站。1989年水產養殖學科被評為國家重點學科，在2001年、2004年、2007年三次均以第一名通過國家重點學科評估。經過“211”和“985”工程的建設，2007年水產學科（涵蓋水產養殖、漁業資源、捕撈學3個二級學科）被評為一級學科國家重點學科。
學院現擁有水產養殖和海洋漁業兩個系，設有水產養殖、海洋生物資源與環境、海洋漁業科學與技術三個本科專業，目前涵蓋1個博士后流動站（水產學）、7個博士點和碩士點（水產養殖、水生生物、動物學、捕撈學、漁業資源、增養殖工程、漁業經濟與管理）。學院擁有海水養殖教育部重點實驗室、教育部海水養殖工程中心、應用水生生物技術山東省重點實驗室、水產養殖“長江學者特聘教授”崗位、水生生物“泰山學者”特聘教授崗位、水生生物學山東省重點學科（強化建設）、漁業資源山東省重點學科、水產養殖山東省品牌專業。構建了“本科—碩士—博士—博士后”的完整的水產學科人才培養體系和培養條件，是國內水產學科人才培養層次最高、最齊全的高等教學單位。
學院現有教職工89人，其中教師62人、正教授31人、博士生導師21人、45歲以下47人、具有海外留學和工作經歷的有27名、具有博士學位者56人占教師總數的90%。現有工程院院士1人，長江學者獎勵計劃教授2人，杰出青年基金獲得者3人，教育部新世紀人才8人，“筑峰人才工程”第二層次1人。另外，還有一支定期來校授課和講學的由中國科學院海洋研究所、國家海洋局第一海洋研究所、中國水產科學研究院黃海水產研究所一批著名專家學者以及由我校“海外教授團”為主體的國外知名學者組成的高水平“客座教師”隊伍。目前，一支由“固定人員和流動人員相結合、國內與國外相結合”的、以中青年學術骨干為主體的高水平師資隊伍已經形成，在水產學科建設中繼續發揮主力軍的作用。
近5年來，我院共承擔各級科研課題110余項，總經費7390余萬元。其中國家級課題80余項，省部級、市級和橫向課題30余項。獲得國家和省部級科技獎勵近20項，國家自然科學二等獎1項，國家科技進步二等獎2項，國家技術發明二等獎1項。近五年我院共受理國家專利110余項，其中發明專利90余項，實用新型專利20余項。主編并出版校級規劃教材2部；主編和副主編國家規劃教材3部，出版實驗教材6部，教材參考書5部。共發表論文600余篇，其中SCI和EI收錄400余篇，居全國水產院校首位。
水產學院本科生考取研究生的比例連續三年達50%以上，一次就業率92%以上。目前，水產在校生現有1108人，其中本科生598人，碩士研究生345人，博士研究生165人。

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