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　氨也可影響水的pH值，水體中的氨主要來源于魚體本身的代謝。氨對鰓的通透性影響較大，從而妨礙魚的正常呼吸。水中氨的積蓄過多時可降低氧的分壓，用沸石或離子交換樹脂可除去水中的氨。在水中加入一定量的三羥基甲基氨基甲烷(Trishydroxy amino methane)，可有效地維持水中pH的穩(wěn)定。

水中的總氨由非離子氨(NH3）和銨根離子(NH4+）組成，非離子氨對魚類有很強的毒性，而離子態(tài)銨是無害的。NH3和NH4+之間的濃度平衡一般由pH和溫度決定，有毒的NH3的濃度隨著pH和溫度的升高而增大。另外，浮游植物的大量死亡或水污染，NH3濃度也會升高。出現氨中毒后，分子氨和氧氣競爭與血紅蛋白結合，從而造成魚類組織缺氧，同時造成魚類血液中NH3含量增高，出現神經中毒癥狀，嚴重者因缺氧而死亡。

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